Обычно ставлю из Google Play, если приложение там есть — меньше возни с обновлениями и безопаснее в плане проверки. Если чего-то нет или обновление задерживается, тогда уже RuStore.
APK использую только в крайнем случае, потому что ручное обновление быстро надоедает. В целом мысль верная: не так важно, откуда ставить, если источник официальный, главное — не качать с левых сайтов.